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siRNA

小干扰RNA(Small interfering RNA;或 short interfering RNA;或silencing RNA),指能引发RNA干扰效应的短(经典结构为19nt序列特异区域+2nt 3’悬挂,一般在20-25bp,也有一些设计到20-30bp)双链RNA;可以由体内内源产生,也可以由体外外源导入。


siRNA是RNAi技术的效应分子,通过与体内相关酶形成RNA诱导的沉默复合物(RNA-induced silencing complex,RISC)降解目标mRNA,调低或抑制目标基因的表达。




海星生物“siRNA(3保1)套装服务”

小干扰快敲降限时特价980元

快至1周交付

适用于: 编码基因(物种:人、小鼠和大鼠)

交付内容: 3对目的基因siRNA(3×2 OD),阴性对照siRNA(1 OD),FAM标记阴性对照siRNA(1 OD),阳性对照siRNA(1 OD);HPLC纯化方式

服务承诺: 转染效率≥90%的情况下,至少1条mRNA水平干扰效率≥70%。

若三条目的序列均达不到如上水平,再免费设计并合成三条 。

其他说明: 如果靶基因的本底表达量很低,将不保证抑制效果。

活动时间: 2024年3月15日-5月31日

siRNA三保一套装3.jpg

| siRNA

小干扰RNA(Small interfering RNA;或 short interfering RNA;或silencing RNA),指能引发RNA干扰效应的短(经典结构为19nt序列特异区域+2nt 3’悬挂,一般在20-25bp,也有一些设计到20-30bp)双链RNA;可以由体内内源产生,也可以由体外外源导入。


siRNA是RNAi技术的效应分子,通过与体内相关酶形成RNA诱导的沉默复合物(RNA-induced silencing complex,RISC)降解目标mRNA,调低或抑制目标基因的表达。

| siRNA的设计原则

siRNA是否能起到特异性沉默目的基因作用,siRNA序列的设计,是关键的因素之一,或者说是最重要的因素。

以下是设计siRNA遵循的一般原则和步骤:

1. 确定靶基因,并针对靶基因序列进行一些简单的生信分析,了解该mRNA转录本的基本结构信息,及这个基因的不同转录本,基因或基因上SNP位点多态性,功能域等一些基础信息;并针对该基因,查询相关数据库,看是否有已验证过的siRNA序列。有则尽量优先用验证有效的序列,没有则自行设计;

2. 一般首选靶基因的CDS区域作为siRNA的同源区,其次才选择3’UTR;一般不建议选择5’UTR;

3. siRNA碱基组成方面,一般建议GC含量在(30-52%),并避免单碱基连续4个以上的重复区域,一般选择AA开始区域(这样对应的反义链以uu作为3’末端);

4. 如果直接合成siRNA,则注意退火后的siRNA是5’缩进,3’突出的;一般是突出2个碱基;

5. 序列内部(即siRNA核心序列)避免稳定的二级结构;

6. 候选siRNA区域确定后,还需要对本种属做对库搜索,避免与其它基因同源;

7. 一个靶基因,需要选定3-5个合格的siRNA位点供筛选;即需要合成3-5套siRNA或构建3-5个shRNA载体;

8. 一般还需要提供一个阴性对照(阴性对照最好是与siRNA序列碱基组成相似但与靶基因及种属其它基因没有同源性);最好还有一个阳性对照(阳性对照选用同种属其它靶基因已验证过的siRNA序列)


咨询请致电 400-990-6627 / 18626227506(微信同号)

| siRNA作用机理


首先,外源性或内源性双链RNA(dsRNA)被RNaseIII(例如Dicer)切割成约21-25nt具有活性的siRNA结构。随后,Dicer将在RNA结合蛋白TRBP的帮助下将双链siRNA加载到Argonaute(AGO2)蛋白,形成复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)。然后,siRNA将解开双链,其反义链与靶mRNA结合后,AGO2将特异性降解靶mRNA,从而抑制其翻译。最后,被切除的靶mRNA被释放,RISC被回收,使用相同的加载引导链再进行几轮切片。此外,siRNA可以在RNA聚合酶的作用下再次形成dsRNA,从而重新参与以上过程。


RISC中发挥沉默靶基因作用的主要部分是Argonaute蛋白(AGO2)。为了实现siRNA介导的沉默,AGO2需要连接siRNA反义链,切掉随从链,随后在保持与反义链结合的情况下,经历多个靶mRNA识别、切割和释放循环。AGO2具有三个功能域,PAZ、MID和PIWI,其中PIWI结构域具有RNaseH样的折叠情况,是赋予其切割活性的功能域。PAZ结构域具有RNA结合作用,能够识别单链RNA的3’端,起到了铆定向导链的3’端的作用,5'端则插入MID和PIWI结构域之间,从而便于PIWI结构与实现切割功能。






siRNA作用机理





| siRNA的设计原则

siRNA是否能起到特异性沉默目的基因作用,siRNA序列的设计,是关键的因素之一,或者说是最重要的因素。

以下是设计siRNA遵循的一般原则和步骤:

1. 确定靶基因,并针对靶基因序列进行一些简单的生信分析,了解该mRNA转录本的基本结构信息,及这个基因的不同转录本,基因或基因上SNP位点多态性,功能域等一些基础信息;并针对该基因,查询相关数据库,看是否有已验证过的siRNA序列。有则尽量优先用验证有效的序列,没有则自行设计;

2. 一般首选靶基因的CDS区域作为siRNA的同源区,其次才选择3’UTR;一般不建议选择5’UTR;

3. siRNA碱基组成方面,一般建议GC含量在(30-52%),并避免单碱基连续4个以上的重复区域,一般选择AA开始区域(这样对应的反义链以uu作为3’末端);

4. 如果直接合成siRNA,则注意退火后的siRNA是5’缩进,3’突出的;一般是突出2个碱基;

5. 序列内部(即siRNA核心序列)避免稳定的二级结构;

6. 候选siRNA区域确定后,还需要对本种属做对库搜索,避免与其它基因同源;

7. 一个靶基因,需要选定3-5个合格的siRNA位点供筛选;即需要合成3-5套siRNA或构建3-5个shRNA载体;

8. 一般还需要提供一个阴性对照(阴性对照最好是与siRNA序列碱基组成相似但与靶基因及种属其它基因没有同源性);最好还有一个阳性对照(阳性对照选用同种属其它靶基因已验证过的siRNA序列)

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2. Cas9X®基因编辑服务:影响因子为17.694

Bu, J., Zhang, Y., Wu, S. et al. KK-LC-1 as a therapeutic target to eliminate ALDH+ stem cells in triple negative breast cancer. Nat Commun 14, 2602 (2023).


3. Cas9X®基因编辑服务:影响因子为8.322

Li W, Ali T, Zheng C, et al. Fluoxetine regulates eEF2 activity (phosphorylation) via HDAC1 inhibitory mechanism in an LPS-induced mouse model of depression[J]. Journal of neuroinflammation, 2021, 18(1): 1-19.


4. Cas9X®基因编辑服务:影响因子为15.992

Li W, Ali T, Zheng C, et al. Anti-depressive-like behaviors of APN KO mice involve Trkb/BDNF signaling related neuroinflammatory changes[J]. Molecular Psychiatry, 2022, 27(2): 1047-1058.


5. Cas9X®基因编辑服务:影响因子为38.12

Ma B, Ju A, Zhang S, et al. Albumosomes formed by cytoplasmic pre-folding albumin maintain mitochondrial homeostasis and inhibit nonalcoholic fatty liver disease[J]. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2023, 8(1): 229.

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